Capítulo 3 Índice de Velocidade do Crescimento Micelial - IVCM

Complementar a AACCM, avalia a velocidade média do crescimento micelial. Pode ser utilizado quando as curvas de progresso tem duração diferentes.

Retomando o exemplo da Figura 2.1, o IVCM é calculado pela seguinte fórmula:

\[ IVCM = \sum ((X_{i+1}-X_i) \cdot (T_{i+1}-T_i)) \]

No software R, existe a função mvi do pacote phytopathologyr que efetua este cálculo

A função precisa de dois vetores:

1. Tempo em que cada medida foi realizada (no exemplo abaixo, dias após a repicagem da colônia).
2. Quantificação da doença (no exemplo abaixo, o diâmetro da colônia em cada tempo.)

tempo <- c(0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8)
diam <- c(0.5, 0.6, 0.7, 1.2, 3.1, 5.2, 6.6, 8.8)
library(phytopathologyr)
mvi(y = diam, time = tempo)

## [1] 1.05

3.1 Como utilizar o IVCM na análise de experimentos

O IVCM segue a mesma lógica utilizada no cálculo da AACCM. Para mais detalhes, consulte o item 2.1.

O cálculo do IVCM para cada repetição de cada tratamento é feito com a função mvi do pacote phytopathologyr:

library(phytopathologyr)
dados_ivcm <- dados_ivcm %>%
  group_by(trat, rep) %>%
  summarise(ivcm = mvi(diametro, tempo)) %>%
  ungroup()

## `summarise()` has grouped output by 'trat'. You can override using the
## `.groups` argument.

## Rows: 50
## Columns: 3
## $ trat <chr> "102B", "102B", "102B", "102B", "102B", "111B", "111B", "111B", "…
## $ rep  <dbl> 1, 2, 3, 4, 5, 1, 2, 3, 4, 5, 1, 2, 3, 4, 5, 1, 2, 3, 4, 5, 1, 2,…
## $ ivcm <dbl> 1.6756552, 1.6783320, 1.6114918, 1.8541976, 1.6912924, 1.4018704,…

Por fim, o resultado destes cálculos pode ser salvo para utilização nas análises posteriores. O formato .csv é idela para salvar, visto que sua importação pelo R é facilmente executado e pode ser aberto em qualquer computador para leitura.

readr::write_csv2(dados_ivcm, "data/ivcm.csv")